تعتبر كنيسة المهد من اقد الكنائس بلعالم و هناك تقام الطقوس الدينية بإنتظام منذ مطلع القرن السادس عشر الميلادى حين شيد الامبراطور الرومانى يوستنيان الكنيسة بشكل الذي هي عليه الآن.
وكانت كنيسة المهد هى الاولى من بين الكنائس التى بناها الملك قسطنطين في مطلع القرن الرابع عشر الميلادى.
المسيحيةهى الديانة الرسمية للدولة البيزنطية (الإمبراطورية الرومانية الشرقية) وذلك في عهد الإمبراطور قسطنطين عام 324م، أمرت والدته القديسة "هيلينا" في عام 335م بإنشاء أول كنيسة مسيحية في أراضي الدولة الرومانية وبالتحديد في منطقة الشرق الأوسط وهي كنيسة المهد، تلك الكنيسة التي تعرض بعض أجزائها للدمار عدة مرات، كان أولها في عام 529 ميلادية عندما دمرها السامريون، ويعتقد أنهم جماعة من اليهود ينسبون إلى عاصمتهم القديمة السامرة، وبعد ذلك أعاد الإمبراطور "جستنيان" بناء كنيسة المهد على نفس موقعها القديم، ولكن بمساحة أكبر، وكان ذلك في عام 535 ميلادية.
ولم تقف الاعتداءات على الكنيسة عند هذا الحد، ففي سنوات الحروب بين الفرس والرومان التي تمكن فيها الإمبراطور "هرقل" من طرد الفرس من ممتلكات الدولة الرومانية عام 641م تعرضت كنيسة المهد للهدم من قبل الفرس عام 614 ميلادية، بينما أبقى الفرس على بعض مباني الكنيسة عندما شاهدوا نماذج من الفن الفارسي الساساني على أعمدة وجدران الكنسية. وفي العصر الإسلامي وخاصة في فترات الحروب الصليبية انتزعها واحتلها الصليبيون؛ حيث وجدوا في مظهرها وعمارتها الخارجية الشبيهة بالحصون والقلاع مكانا مناسبا لإدارة معاركهم